10月16日，國家藥品監督管理局和吉林省食品藥品監督管理局依法從嚴對長春長生生物科技有限責任公司違法違規生產狂犬病疫苗作出行政處罰。罰沒款共計91億元。
　　行政處罰決定書載明，長春長生公司存在以下八項違法事實：一是將不同批次的原液進行勾兌配制，再對勾兌合批后的原液重新編造生產批號;二是更改部分批次涉案產品的生產批號或實際生產日期;三是使用過期原液生產部分涉案產品;四是未按規定方法對成品制劑進行效價測定;五是生產藥品使用的離心機變更未按規定備案;六是銷毀生產原始記錄，編造虛假的批生產記錄;七是通過提交虛假資料騙取生物制品批簽發合格證;八是為掩蓋違法事實而銷毀硬盤等證據。
　　行政處罰決定書認定，上述行為違反了《中華人民共和國藥品管理法》及其實施條例，以及《藥品生產質量管理規范》《藥品生產監督管理辦法》《生物制品批簽發管理辦法》等法律法規和規章。
　　依據行政處罰管轄有關規定，國家藥品監督管理局和吉林省食品藥品監督管理局分別對長春長生公司作出多項行政處罰。國家藥品監督管理局撤銷長春長生公司狂犬病疫苗(國藥準字S20120016)藥品批準證明文件;撤銷涉案產品生物制品批簽發合格證，并處罰款1203萬元。吉林省食品藥品監督管理局吊銷其《藥品生產許可證》;沒收違法生產的疫苗、違法所得18.9億元，處違法生產、銷售貨值金額三倍罰款72.1億元，罰沒款共計91億元;此外，對涉案的高俊芳等十四名直接負責的主管人員和其他直接責任人員作出依法不得從事藥品生產經營活動的行政處罰。涉嫌犯罪的，由司法機關依法追究刑事責任。
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　　7月15日，國家藥品監督管理局發布通告：國家藥監局組織對長春長生生物科技有限責任公司開展飛行檢查，發現長春長生在凍干人用狂犬病疫苗生產過程中存在記錄造假等嚴重違反《藥品生產質量管理規范》(藥品GMP)行為。國家藥監局迅速責成吉林省食品藥品監督管理局收回長春長生相關《藥品GMP證書》，即不允許繼續生產該疫苗。
　　2018年7月23日晚間，中國政府網發布消息稱，正在國外訪問的中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席習近平對吉林長春長生生物疫苗案件作出重要指示指出，長春長生生物科技有限責任公司違法違規生產疫苗行為，性質惡劣，令人觸目驚心。有關地方和部門要高度重視，立即調查事實真相，一查到底，嚴肅問責，依法從嚴處理。要及時公布調查進展，切實回應群眾關切。

　　7月29日“長春新區公安”發布消息，7月23日以來，經長春市公安機關開展偵辦工作，基本查明長春長生生物科技有限責任公司生產凍干人用狂犬病疫苗的涉嫌違法犯罪事實。長春新區公安分局以涉嫌生產、銷售劣藥罪，對長春長生生物科技有限責任公司董事長高某芳等18名犯罪嫌疑人向檢察機關提請批準逮捕。
　　8月16日召開中共中央政治局常務委員會會議，聽取關于吉林長春長生公司問題疫苗案件調查及有關問責情況的匯報。中共中央總書記習近平主持會議并發表重要講話。召開會議，聽取關于吉林長春長生公司問題疫苗案件調查及有關問責情況的匯報。中共中央總書記習近平主持會議并發表重要講話。會議對金育輝(吉林省副省長，2017年4月起分管吉林省食品藥品監管工作)予以免職，對李晉修(吉林省政協副主席，2015年12月-2017年4月任分管吉林省食品藥品監管工作的副省長)責令辭職，要求劉長龍(長春市市長，2016年9月任長春市代市長，2016年10月至今任長春市市長)、畢井泉(市場監管總局黨組書記、副局長，2015年2月-2018年3月任原食品藥品監管總局局長)引咎辭職，要求姜治瑩(吉林省委常委、延邊朝鮮族自治州委書記，2012年3月-2016年5月任長春市委副書記、市長)、焦紅(國家藥監局局長)作出深刻檢查;對35名非中管干部進行問責;決定中央紀委國家監委對吳湞(原食品藥品監管總局副局長、原衛生計生委副主任，分管藥化注冊管理、藥化監管和審核查驗等工作)進行立案審查調查。會議責成吉林省委和省政府、國家藥監局向中共中央、國務院作出深刻檢查。